Le site appartient à la Communauté de Communes Bresse Haute Seille, qui en a confié la gestion à la fédération départementale de chasse du Jura. Des opérations régulières de gestion visent à préserver ou développer la biodiversité de l’écopôle, qui abrite une faune et une flore intéressantes : environ 200 espèces d’oiseaux, parmi lesquelles on peut compter la Sterne pierregarin ou le Petit Gravelot, qui vit et pond ses œufs sur les berges. Le Crapaud calamite est également une espèce emblématique du site. Menacé à l’échelle régionale, les carrières de Desnes figurent parmi les 3 sites principaux pour cette espèce en Franche-Comté ! L’écopôle a également une vocation pédagogique : sorties nature régulières, chantiers-écoles pour des étudiants (du CFA de Montmorot par exemple), animation scolaires…